03 temmuz 1992 tarihinde, 3837 sayılı kanunla kurulan Çanakkale onsekiz mart Üniversitesi, 1992-1993 eğitim-Öğretim yılında trakya Üniversitesi' nden devredilen Çanakkale eğitim fakültesi, Çanakkale meslek yüksekokulu ve biga meslek yüksekokulu ile öğretime başlamıştır.
1993-1994 eğitim-Öğretim yılında fen edebiyat fakültesi, turizm işletmeciliği ve otelcilik yüksekokulu ile sağlık hizmetleri meslek yüksekokulu,1994-1995 eğitim-Öğretim yılında biga i.i.b. fakültesi, ayvacık, bayramiç, Çan, ezine, gelibolu ve yenice meslek yüksekokulları ile fen bilimleri ve sosyal bilimler enstitüsü, 1995-1996 eğitim-Öğretim yılında ziraat, su Ürünleri, ilahiyat ve mühendislik-mimarlık fakülteleri, 1996-1997 eğitim-Öğretim yılında sağlık yüksekokulu, 1998-1999 eğitim Öğretim yılında gökçeada meslek yüksekokulu, 2000-2001 eğitim Öğretim yılında da lapseki meslek yüksekokulu açılarak öğretime başlamışlardır.
ayrıca 1997 yılında kurulan ve ilk öğrencilerini 2000-2001 eğitim-Öğretim yılında alan güzel sanatlar fakültesi ve 7 ağustos 2000 tarihli resmi gazetede yayınlanan bakanlar kurulu kararı ile kuruluşunun yasal sürecini tamamlayan tıp fakültesi ile 9 fakülte, 11 meslek yüksekokulu, 2 yüksekokul, 2 enstitü ile beraber Üniversitemiz toplam 24 eğitim birimine sahiptir.